Суды отмечают, что нарушение правил ведения бухучёта, не отразившееся на правильности расчёта базы по налогу на прибыль, не может служить обстоятельством для отказа в учёте расходов (см., например, Постановления ФАС Северо-Западного округа от 25.08.2008 №А42- 3392/2007, Московского округа от 11.05.2007, 14.05.2007
№ КА-А40/2612-07).

С ними солидарна и ФНС России, которая в рассматриваемом Письме признает, что ошибки в бухучёте в общем случае не являются основанием для отказа в признании расходов. Однако в результате допущенных ошибок сведения, указанные в первичных документах, могут стать противоречивыми. Это может свидетельствовать о том, что организация получила необоснованную налоговую выгоду. 

Источник: Письмо ФНС России от 16.08.2011 № АС-4-3/13346