В каком случае компания освобождается от ответственности в виде пеней и штрафов? 

Компания освобождается от ответственности в виде пеней и штрафов, в случае если руководствуется разъяснениями органа государственной власти, уполномоченного трактовать законодательство. 

Разъяснять налоговое законодательство может только Минфин России на основании п. 1 ст. 34.2 НК РФ. ФНС подобными полномочиями не наделена. Следовательно, если позиции ФНС и Минфина по какому-либо вопросу расходятся, то компании безопаснее согласиться с Минфином. Кроме того, со следующего года письменные толкования Минфина будут обязательны и для налоговых органов. Такая норма будет прямо установлена в п. 1 ст. 34.2 НК РФ.   

Источник: Письмо Минфина РФ от 11.08.2011 № 03-02-08/89