Дело в том, что организации, перешедшие на УСН, освобождаются от обязанностей по ведению бухгалтерского учёта, за исключением отдельных случаев (п. 3 ст. 4 Федерального закона от 21.11.1996 N 129-ФЗ «О бухгалтерском учёте»). Однако в отношении компаний, уплачивающих ЕНВД, подобного освобождения действующим законодательством не предусмотрено. Указанные специальные налоговые режимы организация может применять одновременно (п. 7 ст. 346.26 НК РФ).

Согласно п. 7 ст. 346.26 НК РФ при осуществлении нескольких видов деятельности, один из которых облагается ЕНВД, налогоплательщик должен вести раздельный учёт. При этом учёт имущества, обязательств и хозяйственных операций плательщики ЕНВД ведут в общеустановленном порядке. А значит, они должны вести бухучёт и сдавать бухгалтерскую отчётность в соответствии с Федеральным законом от 21.11.1996 N 129-ФЗ.

Следовательно, при совмещении УСН и ЕНВД компания обязана вести бухгалтерский учёт, составлять и представлять бухгалтерскую отчётность в целом по организации.

Аналогичные разъяснения содержатся в Письме ФНС России от 03.05.2011 № КЕ-4-3/7129@. Минфин России поддерживает данную точку зрения (см. Письма от 27.10.2010 № 03-11-11/283, от 19.08.2010 № 03-11-06/2/131).

Источник: Письмо ФНС России от 18.07.2011 № ЕД-4-3/11566@