Первичные документы, составленные в электронном виде и отвечающие установленным требованиям, налогоплательщики вправе применять не только при взаимодействии между собой, но и в целях ведения бухгалтерского и налогового учёта.

Отмечено также, что электронные первичные документы могут учитываться налоговыми органами при проверке соответствия признанных в налоговом учёте расходов налогоплательщика критериям обоснованности, предусмотренным статьей 252 Налогового кодекса РФ. 

Источник: Письмо ФНС РФ от 05.10.2011 № ЕД-4-3/16368@